???jsp.display-item.identifier??? https://repositorio.unipampa.edu.br/jspui/handle/riu/4531
Tipo: Trabalho de Conclusão de Curso
metadata.dc.title: Validação in silico de marcadores ssr de eugenia uniflora e transferibilidade para sete espécies de eucalyptus
Autor(es): Silva, Clariane Da
Primeiro Orientador: Stefenon, Valdir Marcos
Coorientador: Sazir, Deise Schroder
1° Membro da banca: Pinto, Paulo Marcos
2° Membro da banca: Pinto, Talis de Oliveira
Resumo: Com o avanço das técnicas de sequenciamento de nova geração (NGS), tem-se possibilitado o sequenciamento do genoma de espécies de interesse econômico, com custos relativamente baixos, desenvolvendo primers capazes de amplificar regiões ricas em microssatélites. A validação dos marcadores é de extrema importância, pois, é através dela que se obterá resultados confiáveis e adequados. Em relação aos testes de transferibilidade in silico, os quais requerem um banco de dados que possua informações de sequências gênicas da espécie em estudo, sendo ele o banco de dados de Sequências Expressas (EST). ESTs são marcadores de interesse pois controlam características fenotípicas importantes economicamente e permitem avaliar a distribuição de marcadores moleculares microssatélites em regiões transcrita e não transcrita. Espécies economicamente importantes da família Myrtaceae foram escolhidas para o estudo, sendo elas Eugenia uniflora e Eucalyptus spp. O presente estudo teve como objetivo validar primers de E. uniflora e testar sua transferibilidade para sete espécies de Eucalyptus. Para tal, foram utilizados dados obtidos no sequenciamento, montagem do rascunho do genoma de E. uniflora, prospecção de microssatélites e desenho de primers. A validação dos primers foi realizada através de uma simulação de eletroforese em gel. Após, obteve-se os bancos de dados de ESTs do Taxonomy browser, no site do NCBI, para sete espécies de Eucalyptus, sendo necessária a retirada de redundância, pois o banco de dados não possui curadoria e isso implica na possibilidade de muitas de suas sequências serem repetidas. As sequências repetidas foram excluídas e, por fim, realizou-se a simulação da PCR in silico. Da validação dos primers através dos géis, de um total de 111 primers testados, 80 primers amplificaram apenas um locus na região avaliada, demonstrando ser viáveis para a amplificação em laboratório. Dezoito primers apresentaram amplificação de dois loci na região avaliada e necessitam ser analisados em laboratório para ajustes na concentração de reagentes e temperaturas de anelamento. Contudo, 13 primers apresentaram amplificação de loci sobrepostos ou acima de três loci na região avaliada, tornando assim sua avaliação inviável. Para a transferibilidade através da comparação dos primers SSR de Eugenia uniflora (111) com os bancos de dados de EST de Eucalyptus por PCR virtual, obtivemos o número de primers transferíveis para cada espécie. O maior número de primers transferíveis foi para E. gunni (95), seguido de E. camaldulensis (94), E. globulus (89), E. pellita (86) E. grandis (84), E. urophylla (76) e E. tereticornis (35). A transferibilidade de primers foi relativamente alta quando comparada com dados presentes na literatura, obtendo sucesso. Porém, o fato de algumas espécies terem uma transferibilidade baixa, pode se dar também pelo baixo número de sequências disponíveis no banco de dados. Esses marcadores apresentam um alto custo para seu desenvolvimento e, por isso, uma alternativa de barateamento é de extremo interesse. Conclui-se que através da validação dos primers houve redução nos custos laboratoriais, e havendo possibilidade de transferibilidade dos primers SSR de Eugenia uniflora para as sete espécies de Eucalyptus.
Abstract: The progress of next generation sequencing techniques (NGS) has enabled the genome sequencing of economically important species not only with relatively low costs but also developing primers with efficiency in amplifying microsatellite rich regions. The validation of markers is of major importance since it allow us to obtain reliable and suitable results. Transferability assays in silico requires a database containing the gene sequences of the species under study that may be found through the Expressed Sequence Tag (EST) database. ESTs are markers of interest as they control phenotypic traits with economic importance and to assess the distribution of microsatellite molecular markers in transcribed and non-transcribed sites. In this regard, economically important species from the Myrtaceae family were chosen for the present study: Eugenia uniflora and Eucalyptus spp. This study aimed to validate E. uniflora primers and test its transferability to seven species of Eucalyptus. For this purpose, data from the sequencing, draft genome assembly of the E. uniflora, prospection of microsatellites and primer design were used. The validation of the primers was held through a gel electrophoresis simulation. After that, data from ESTs were obtained from the Taxonomy browser on the NCBI website for seven Eucalyptus species, requiring the removal of redundancy since this database has no curation which implies the possibility of many repeated sequences. These repeated sequences were excluded and, lastly, the PCR simulation was fulfilled. For the primers validation through virtual gels, from an amount of 111 primers tested, 80 primers amplified only one locus in the evaluated area, proving to be viable for amplification in laboratory. Besides, eighteen primers showed amplification of two loci in the assessed region and because of that, they need to be evaluated in laboratory for adjustments in reagent concentrations and annealing temperatures. Moreover, thirteen primers showed amplification of overlapped loci or above three loci in the assessed region, thus making their evaluation unfeasible. For transferability by comparing the SSR Eugenia uniflora primers (111) with the Eucalyptus EST database by virtual PCR, it was possible to obtain the number of transferable primers for each species. The largest number of transferable primers was E. gunni (95), followed by E. camaldulensis (94), E. globulus (89), E. pellita (86) E. grandis (84), E. urophylla (76) and E. tereticornis (35). The transferability of primers was relatively high in comparison to the data presented in literature meaning, therefore, success. Yet, the fact that some species show a low level of transferability may also occur for the low number of sequences available in the database. These markers have a high development cost and, for this reason, a cheaper alternative is of the utmost interest. As a conclusion, it was possible to evidence a reduction in laboratory costs through the validation of the primers in addition to reveal the possibility of transferability Eugenia uniflora SSR primers for the seven species of Eucalyptus.
metadata.dc.subject: Pitangueira
EST-SSR
Bioinformática
Surinam cherry
Bioinformatics
CNPQ: CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS
Idioma: por
metadata.dc.publisher.country: Brasil
metadata.dc.publisher: Universidade Federal do Pampa
Sigla da Instituição: UNIPAMPA
Campus: Campus São Gabriel
metadata.dc.identifier.citation: SILVA, Clariane da. Validação in silico de marcadores ssr de eugenia uniflora e transferibilidade para sete espécies de eucalyptus. 2016. 58 f. Trabalho de Conclusão de Curso ( Curso de Biotecnologia). Universidade Federal do Pampa. Campus São Gabriel. São Gabriel. 2016.
Tipo de acesso: Acesso Aberto
metadata.dc.identifier.uri: http://dspace.unipampa.edu.br:8080/jspui/handle/riu/4531
metadata.dc.date.issued: 18-Nov-2016
???org.dspace.app.webui.jsptag.ItemTag.appears???Biotecnologia

???org.dspace.app.webui.jsptag.ItemTag.files???
???org.dspace.app.webui.jsptag.ItemTag.file??? ???org.dspace.app.webui.jsptag.ItemTag.description??? ???org.dspace.app.webui.jsptag.ItemTag.filesize??????org.dspace.app.webui.jsptag.ItemTag.fileformat??? 
Validação in silico de marcadores ssr de eugenia uniflora e transferibilidade para sete espécies de eucalyptus.pdf406.01 kBAdobe PDF???org.dspace.app.webui.jsptag.ItemTag.view???


???jsp.display-item.copyright???