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metadata.dc.type: Dissertação
Title: Análise in silico de relações filogenéticas de plantas baseadas no gene ga20ox
metadata.dc.creator: Machado, Lilian de Oliveira
metadata.dc.contributor.advisor1: Stefenon, Valdir Marcos
metadata.dc.contributor.referee1: Nodari, Rubens Onofre
metadata.dc.contributor.referee2: Mantovani, Adelar,
metadata.dc.contributor.referee3: Ribeiro, José Ricardo Inácio,
metadata.dc.description.resumo: Há inúmeros bancos de dados genéticos distribuídos por países da Europa e Ásia, mas todos trocam informações 24 horas por dia com o NCBI, considerado o mais importante. Dados on-line são submetidos e consultados nesses bancos remotos. Atualmente existe no NCBI aproximadamente 127 milhões de sequências de DNA, possibilitando a realização de inúmeros estudos in silico, incluindo estudos de sistemática. Os genes plastidiais são amplamente utilizados nas análises filogenéticas devido a sua eficácia, enquanto os genes nucleares têm sido pouco explorados nesse âmbito, deixando um vasto campo para estudos preliminares. Neste trabalho investigou-se a eficácia do gene nuclear GA20ox1 na resolução das relações filogenéticas em eudicotiledôneas. Sequências do gene rbcL foram utilizadas para comparação. Todas as sequências foram obtidas diretamente no GenBank. A eficácia deste gene foi avaliada determinando-se a proporção de transversões/transições, número de caracteres parcimônio-informativos, índice de retenção (IR) e índice de consistência (IC) e através da construção de árvores filogenéticas. A proporção de mutações de transição/transversão e proporção de caracteres parcimônio-informativos do gene GA20ox1 sugere alta capacidade informativa, apesar de os valores de IR e IC serem relativamente baixos. A árvore filogenética baseada no gene GA20ox1 foi parcialmente congruente com as reconstruções filogenéticas baseadas nas sequências rbcL e com a árvore reconhecida pelo APG III. As incongruências observadas refletem os diferentes caminhos evolutivos seguidos pelos diferentes grupos de plantas com relação a este gene. Os resultados obtidos revelaram suficiente sinal filogenético no gene GA20ox1 para agrupar espécies em nível de família, sendo útil para resolver as relações filogenéticas em níveis taxonômicos inferiores e aprimorar nossos conhecimentos sobre a evolução das plantas com flores.
Abstract: Online data are submitted and consulted in these remote banks. Currently there are approximately 127 million DNA sequences in the NCBI, enabling the performance of several in silico studies, including studies on systematics. The plastid genes are most commonly used in phylogenetic analyzes due to its efficacy, while nuclear genes have been little exploited in this context, leaving a vast field for preliminary studies. This study investigated the efficacy of the nuclear gene GA20ox1 in resolving phylogenetic relationships within the eudicots. Sequences of the rbcL gene were employed for comparison. All sequences were obtained directly from the GenBank. The efficacy of this gene was evaluated by determining the rate of transversions/transitions, proportion of parsimony-informative characters, retention index (RI) and consistency index (CI) and through the construction of phylogenetic trees. The rate of transversions/transitions mutations and proportion of parsimony-informative characters of the GA20ox1 gene suggest high informative capacity, although the RI and CI values were relatively low. The phylogenetic tree based on the GA20ox gene was partially congruent with the phylogenetic reconstruction based on the rbcL sequences and with the tree recognized by the APG III. The observed incongruence reflect the different evolutionary ways followed by the different groups of plants concerning this gene. The results obtained revealed enough phylogenetic signal in the GA20ox1 gene to group species at family level, being useful to resolve the phylogenetic relationships at lower taxonomic levels and increase our knowledge about the evolution of flowering plants.
Keywords: Genética
Gene nuclear
Gene - cloroplasto
Sistemática de plantas
Banco de dados genéico
Genetics
Nuclear gene
Chloroplast gene
Systematics of plants
Genetic database
metadata.dc.subject.cnpq: CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS
metadata.dc.language: por
metadata.dc.publisher.country: Brasil
Publisher: Universidade Federal do Pampa
metadata.dc.publisher.initials: UNIPAMPA
metadata.dc.publisher.department: Campus São Gabriel
metadata.dc.publisher.program: Mestrado Acadêmico em Ciências Biológicas
Citation: MACHADO, Lilian de Oliveira. Análise In Silico de Relações Filogenéticas de Plantas Baseadas no Gene GA20ox. 2012. 23 F. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas). Universidade Federal do Pampa. São Gabriel. 2012.
metadata.dc.rights: Acesso Aberto
URI: http://dspace.unipampa.edu.br:8080/jspui/handle/riu/3821
Issue Date: 14-Dec-2012
Appears in Collections:Mestrado e Doutorado em Ciências Biológicas

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